Após a sedação, o médico introduz o endoscópio (tubo flexível bem fino, com luz e microcâmera na ponta) pela garganta, fazendo o percurso até os órgãos do aparelho digestivo. Tudo é observado em tempo real pelo monitor de vídeo.

 A endoscopia digestiva é muito segura e as complicações são raras. Mas, como envolve anestesia, há riscos cardiopulmonares, arritmias, parada respiratória, reações anafiláticas

Recomenda-se repouso por cerca de 30 minutos, até se recuperar dos efeitos da sedação. O paciente deve comer algo leve e ir para casa sempre acompanhado. Não é permitido dirigir. Caso sinta algum mal-estar acompanhado de febre, vômito, dores abdominais, deve-se procurar o pronto-atendimento para avaliação.

Não há limite de idade para a fazer uma endoscopia. Até bebês podem ser submetidos à técnica em casos urgentes

A endoscopia e feita para permitir observar as paredes de órgãos como o esôfago, o estômago e o início do intestino. Assim, é um exame muito utilizado para tentar identificar uma causa para algum desconforto abdominal que dura há muito tempo, com sintomas como dor, náusea, vômitos, queimação, refluxo ou dificuldade para engolir, por exemplo. Alem da prevenção de doenças